1 Sıra No.lu Elektronik Defter Genel Tebliğinin 6.2. maddesinde, “Tebliğde yer alan usul ve esaslara aykırı biçimde elektronik defter oluşturan veya oluşturdukları elektronik defterleri yetkili makamların isteği üzerine ibraz etmeyenler hakkında, işledikleri fiile göre Vergi Usul Kanununun ve Türk Ticaret Kanununun ilgili hükümleri uygulanır.” ifadesi bulunmaktadır. Vergi Usul Kanunu mükkerrer 257’inci maddesine göre tutulması ve düzenlenmesi zorunlu defterlerin ibrazının yapılmaması durumunda özel usulsüzlük cezası kesilir. Vergi Usul Kanunu’nun mükerrer 355. Maddesine göre mükerrer 257’inci madde hükmüne uymayanlar için 2019 yılında ceza tutarı birinci sınıf tüccarlar ile serbest meslek erbabı hakkında 1.900 TL (504 Seri No’lu Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği’nde)’dir.
15.04.2019 tarihinde Elektronik Defter ve Belge Uygulamalarına İlişkin Genel Tebliğlerin Birleştirilmesi Amacıyla “Vergi Usul Kanunu Genel Tebliğ Taslağı” hazırlanan taslak tebliğin Sorumluluk ve Cezai Müeyyideler başlıklı 7’inci maddesi f bendinde “Elektronik defter uygulamasına dahil olan mükelleflerin, tebliğin V-4.3. bölümü (c) bendinde belirtilen sürelerde elektronik defter dosyalarını, muhasebe fişlerini oluşturmaması, imzalamaması/onaylamaması veya oluşturulan elektronik defter dosyalarına ait berat dosyalarının Başkanlığın onayına sunulmak üzere Başkanlık sistemlerine yüklememesi ya da süresinden sonra yüklenmesi halinde, diğer vergisel yükümlülükler ile birlikte Vergi Usul Kanunu’nun Mükerrer 355 inci maddesinde belirtilen özel usulsüzlük cezası uygulanır.” hükmü yer almaktadır.
Yine Vergi Usul Kanunu Madde 30’a göre vergi matrahının tamamen veya kısmen defteri kayıt ve belgelere veya kanuni ölçülere dayanılarak tespitine imkan bulunmayan hallerde takdir komisyonları tarafından takdir edilen veya vergi incelemesi yapmaya yetkili olanlarca düzenlenmiş vergi inceleme raporlarında belirtilen matrah veya matrah farkı resen takdir olunmuş sayılır. Ayrıca defter hiç yüklenmemiş olacağından KDV indirimlerinin reddi söz konusu olabilir, ancak bununla ilgili kesin bir hüküm bulunmamaktadır.